智能互联系统安徽省实验室实行依托单位领导下的实验室主任负责制，实验室设主任1名、副主任1名、研究室4个、综合办公室1个，设独立的学术委员会。

实验室主任负责实验室的科学研究、人员聘用、人才培养及日常管理等工作。学术委员会是实验室的学术指导机构，主要任务是研究并确定实验室的目标、任务和研究方向，审议年度科研工作计划、重大学术活动安排等事项。

研究室负责相关研究方向的科研项目申报与研究、专利申请、科技成果转化。研究室的人员按项目组组织，对跨学科、跨领域和跨方向的项目，项目组的人员组成不局限于具体研究室。